在科學發展之初，人們普遍透過觀察將發現的現象紀錄下來，並加以歸納，整理出系統化的原則，而各種原則會再經過一系列的統整，最後變成所謂的哲學思想。而當時由於人們對於醫療的需求，遠在基礎科學完備之前，因此當時的醫學常常是在當時的哲學基礎上加入臨床數據發展的，進而衍生出系統化的診療方針。但由於基礎科學知識的缺乏，往往不能精確地解釋病理機轉以及藥物作用原理，在臨床上遇到例外情況就會出現問題。
[＊]如果覺得太過玄幻的話，考過大型考試的大家可以大致理解為「什麼都不會的人（古代知識匱乏的醫者）透過考試技巧（哲學概念）和題海戰術（臨床數據）整理出系統化的解題公式（診療方針）來應付考試題目（處理疾病），但只要題型變化過大（臨床上的例外狀況）就可能會面臨束手無策的問題」。例如：傳統的中醫藥在癌症的治療上就顯得有點力不從心，只能起到輔助現代西醫治療的效果。
中醫奠基於陰陽五行學說之上，強調各種「氣」（元素）相生相剋的關係，這與古希臘時期具有西方醫學之父之稱的希波克拉底所發展出的體液學說（四種體液的平衡關係），雖然在完整程度以及複雜程度存在著非常大的差距，但在分類邏輯上可以說是非常相近的。
[＊]陰陽五行學說和體液學說都是以其中定義的「元素」之間的比例來評估、解釋一個人的健康狀態以及患者的治療方向的，而這些「元素」是如何被定義出來的，在中醫理論裡面主要是根據臨床症狀進行分類和定義，再配合把脈等手段做更精細的分析。例如：小戴有很多白帶、小翰手上有汗皰疹（一種皮膚過敏），以中醫的理論就會解釋為濕氣過重。
在治療手段上，當時的西醫顯得相當簡單粗暴，只要太多的，一律放掉（基本上就是放血），在藥物的使用上，系統化程度極低，基本上就是A藥治B病，兩點一直線的思考模式，不知道原理，反正能用就好。而當時的中醫在藥物的使用上明顯比當時的西醫先進、系統化很多，透過大量歸納各種物質對人體產生的效果，對這些物質進行分類（在臨床上常用的分類方式為性味，又稱四氣五味），再配合相生相剋的理論，對病患進行治療。也因為早年中國的醫學與藥學緊扣在一起，幾乎可以說是同一門學問，因此在當時醫藥是不分家的。
[＊]例如：薏仁有一點清熱瀉火解毒類的作用，在四氣中被歸類為微寒；同時，它的味道甘甜平順，有緩和、滋補（脾胃）的作用，在五味中被歸類為甘。在描述其藥理性質時，可以表示為味甘、微寒。可以用作調整濕熱體質的藥方。補充說明：中醫認為，濕氣鬱積是脾胃功能不佳所致，因此補脾胃能夠改善濕氣鬱積的問題。（＊五味的「味」一開始的確是指「味道」，但到後來開始更偏重於功效，導致有時候味不一定是味道，例如麻黃味辛。）
中世紀時，由於歐洲籠罩在籠罩在迷信的陰霾下，包含醫學在內的各類科學發展停滯不前，而位處中國的中醫雖然沒有什麼革命性的進步，但透過不斷的發展，慢慢地擴充了整個醫藥資料庫，並長時間的演化累積臨床經驗，整體技術有緩慢但持續的提升，因此直到歐洲科學革命以前，中醫藥與當時荒謬的西醫相比，可以算是非常進步且成熟的醫藥體系。
[＊]在這段期間，西醫基本上沒什麼進展，甚至在瘟疫爆發期間還有堪稱沒有醫術的鳥嘴醫生草菅人命（之後會提到）。但中醫不斷歷經像現代一樣的新藥研發和毒藥淘汰（例如：五石散，毒品、春藥）的過程，也不斷有人研究新的製藥技術和新的治療技術（參見《雷公炮灸論》等書），雖然整個過程相當緩慢，但也為今天的中醫奠定了良好的基礎。
但在科學革命之後，西方各種基礎科學知識以及技術大幅提升，也為醫學及藥學迎來了革命。然而，之前佔盡優勢的中國，由於科舉浪費人才，缺乏基礎科學知識導致了醫學及藥學在發展上遭遇瓶頸，便從此開始迅速由領先轉為落後。
[＊]以下將中醫與西醫比作兩位學生，方便大家理解：
中醫與西醫在小學階段的時候差不多，但中醫在國中時期認真讀書，考上了地區第一志願高中，然而高中時期頂著第一志願的光環開始變得自傲，在課業上遇到瓶頸而不自知，三年過後，不但學測、指考接連失利，甚至連畢業證書都要拿不到了。反觀西醫，在國中時期是小混混，高中也考得一塌糊塗，但自從上了高中之後突然覺醒，經過高中三年的努力，所有分數拿好拿滿，進入了理想的校系。
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